Ráðherra skipar fimm manna stjórn til þriggja ára í senn samkvæmt tilnefningu vísindanefndar Vísinda- og tækniráðs. Að skipun lokinni eru nöfn stjórnarmanna birt á heimasíðu Rannís. Stjórn sjóðsins samþykkir úthlutunarreglur og leiðbeiningar og tekur ákvarðanir um fjárveitingar úr sjóðnum að fengnum umsögnum fagráða. Almennum spurningum varðandi sjóðinn og umsóknir sem eru í matsferli skal beint til sérfræðinga Rannsóknasjóðs.
Mennta- og menningarmálaráðherra skipaði 7. nóvember 2019 stjórn Rannsóknasjóðs, sbr. 4. gr. laga nr. 3/2003 um opinberan stuðning við vísindarannsóknir.
