Upplýsingavefurinn Lífvísir og lífupplýsingafræði - rannsóknarverkefni í U&U lokið
Markmið verkefnisins var að þróa tvö forrit sem herma mögnun í hvörfum með erfðaefni.
Heiti verkefnis: Upplýsingavefurinn Lífvísir og lífupplýsingafræði
Verkefnisstjóri: Jón Jóhannes Jónsson, netfang: jonjj@hi.is
Þátttakendur: Lífeind efh, UVS, Háskóli Íslands og Landspítali-háskólasjúkrahús
VERKEFNIÐ HLAUT STYRK ÚR MARKÁÆTLUN UM UPPLÝSINGATÆKNI OG UMHVERFISMÁL
Lokið er vinnu við verkefni sem unnið var í samvinnu Háskóla Íslands, Landspítala-háskólasjúkrahúss og líftækni-fyrirtækjanna Urðar Verðandi Skuldar ehf og Lífeindar ehf. Meginmarkmið verkefnisins var þróun á hugbúnaði til að annars vegar framkvæma sýndar PCR á veraldar vefnum og hins vegar að velja prímera til fjölþátta arfgerðargreininga. Þáttakendur í verkefninu voru þau Magnús Már Halldórsson prófessor í tölvunarfræði, Elena Lossievskaia doktorsnemi við tölvunarfræðiskor, Jón Jóhannes Jónsson dósent og forstöðumaður Lífefnafræðisviðs læknadeildar, Hans Guttormur Þormar doktorsnemi við læknadeild, Haukur Þorgeirsson rafmangsverkfræðingur og Ýmir Vigfússon stærðfræðingur, auk nokkurra annarra starfsmanna viðkomandi fyrirtækja. Með þessum styrk frá Rannís komst á samstarf milli ólíkra sviða innan Háskóla Íslands, Landspítala-háskólasjúkrahúss og líftæknifyrirtækja, þar sem sérfræðingar í tölvunarfræði og lífvísindum beittu saman þekkingu sinni. Settur var upp fyrsti lífupplýsingafræði vefþjónninn á Íslandi sem gerir vísindamönnum kleyft að setja upp sýndar PCR hvarf á erfðamengisröð mannsins. Vefþjónninn er á slóðinni: http://genome.cs.hi.is . Þetta forrit mun líftæknifyrirtækið Lífeind ehf m.a. notfæra sér við þróun aðferða til rannsókna á erfðamengi mannsins. Hitt forritið sem þróað var nýtist líftæknifyrirtækinu Urði Verðandi Skuld við að gera arfgerðargreiningar fljótlegri og ódýrari. Líklegt má telja að önnur líftæknifyrirtæki sem sérhæfa sig í arfgerðargreiningum muni einnig vilja notfæra sér þennan hugbúnað.
Listi yfir afrakstur verkefnisins, sem og skýrslur, greinar og handrit.
Posters:
1. Hans G. Þormar, Haukur Þorgeirsson, Ýmir Vigfússon, Guðmundur H. Gunnarsson, Bjarki Guðmundsson, Jón J. Jónsson, Magnús M. Halldórsson. Íslenskur vefþjónn til að framkvæma sýndar PCR hvörf á erfðamengisröðum í gagnabönkum. Afmælisráðstefna Líffræðifélagsins, nóvember 2004, http://notendur.centrum.is/~biologia/radstefn2004.htm .
2. Magnús M. Halldórsson, Haukur Thorgeirsson, Ýmir Vigfússon, Hans Thormar, Jón J. Jónsson. CATTAGAT - Web Server for Primer Specificity Scan. Genome Informatics Workshop (GIW) 2004, Japan Society for Bioinformatics, Pacifico Yokohama, Japan, December 13-15, 2004. (ATH: Einnig útdráttur (2 síður))
3. Elena Lossievskaia, Hans Thormar, Magnús M. Halldórsson, Haukur Thorgeirsson, Ýmir Vigfússon, Jón J. Jónsson. Hugbúnaður til vinnslu á erfðamengisröðum og aðferðir við arfgerðargreiningu. Rannís ráðstefna um rannsóknir styrktar af markáætlun.
Articles:
1. Thomas Bataillon, Thomas Mailund, Steinunn Thorlacius, Eirikur Steingrimsson, Thorunn Rafnar, Magnus M. Halldorsson, Violeta Calian, Mikkel H. Schierup. The effective size of the Icelandic population inferred from unphased microsatellite markers and the prospects for LD mapping. European Journal of Human Genetics (Submitted Sep. 8, 2005, confidential)
2. Magnús M. Halldórsson, Ýmir Vigfússon, Haukur Thorgeirsson, Hans Thormar, Jon J. Jonsson. CATTAGAT: A tool for locating all primer binding sites. Bioinformatics, Application Note, (Submitted Sep. 8, 2005)
Oral presentations:
1. Magnus M. Halldorsson. Designing a marker set for a whole genome scan for cancer. At Celera Genomics, 22. júní 2003. (MMH)
2. Haukur Þorgeirsson, Ýmir Vigfússon, Hans G. Þormar, Jón J. Jónsson, Magnús M. Halldórsson. Íslenskur vefþjónn til að finna bindiset í erfðamengjum og framkvæma sýndar PCR hvörf. 12. Ráðstefnan um rannsóknir við læknadeild 4. og 5. janúar 2005
3. Hans G. Þormar, Haukur Þorgeirsson, Ýmir Vigfússon, Guðmundur H. Gunnarsson, Bjarki Guðmundsson, Magnús M. Halldórsson, Jón J. Jónsson. Sýndar keðjufjölföldun flókinna erfðamengissamsvarana úr gagnabönkum. 12. Ráðstefnan um rannsóknir við læknadeild 4. og 5. janúar 2005
Thesis
Haukur Þorgeirsson Microarray Probe Design Using Large-Scale Genomic Search for Primer Specificity. Master's Thesis (15 Credits / 30 ECTS)
Skrá yfir áætlaðar en óbirtar vísinda- og/eða tæknilegar skýrslur og greinar.
Hans G Thormar PhD thesis expected in 2006, thesis work in part funded by this grant.
Elena Lossievskaia PhD thesis expected in 2007, thesis work in part funded by this grant.
Hans G. Thormar, Gudmundur H. Gunnarsson, Bjarki Gudmundsson, Haukur Thorgeirsson, Ymir Vigfusson, Magnus M. Halldorsson & Jon J. Jonsson. Virtual PCR amplification of complex representations: Amplifying Alu repeat 3' flanking sequences from the human genome in vitro and in silico. (Manuscript)
Elena Losievskaja, Magnús M. Halldórsson, Steinunn Thorlacius Multiplex primer design for large-scale genotyping (Manuscript)
Elena Losievskaja, Magnús M. Halldórsson. Algorithmic Strategies for Multiplex Primer Design (Manuscript)
