Spunahreyfifræði og segulsviðsskynjarar - verkefni lokið
Fréttatilkynning verkefnisstjóra
Kjarnsýrur gegna mörgum hlutverkum í lífverum. Upplýsingar um byggingu og hreyfingu kjarnsýra varpa ljósi á hvernig þær geta sinnt sínum fjölbreyttu hlutverkum.
Electron paramagnetic resonance (EPR) litrófsgreining, eða rafeindasegulgreining, er tækni sem hefur í auknum mæli verið notuð til að rannsaka kjarnsýrur. Í þessu verkefni voru EPR aðferðir þróaðar til rannsókna á kjarnsýrum og beitt við rannsóknir á byggingu og hreyfingu ýmissa kjarnsýrusameinda. Stífa nítroxíð-spunamerkta kirnið Ç var innleitt í DNA sameindir sem innihalda þriggja-helixa samskeyti. Þessi DNA sameind bindur kókaín og var sýnt á hverjar breytingar verða á hreyfingu og lögun hennar við að bindast kókaíni. Þá höfum við smíðað afleiður af Ç fyrir RNA notað við rannsóknir á hreyfingu RNA aptamers sem bindur bakteríudrepandi efnið neomycin. Þar að auki höfum við smíðað tríarýlmetýl (trítíl) stakeindir og sýnt fram á að þær eru hentugar til fjarlægðarmælinga með EPR. Þessi rannsóknaverkefni voru unnin í samstarfi við rannsóknahópa í Þýskalandi og Tyrklandi.
Heiti verkefnis: Spunahreyfifræði og segulsviðsskynjarar
Verkefnisstjóri: Snorri Þór Sigurðsson, prófessor, Háskóla Íslands
Tegund styrks: Verkefnisstyrkur
Styrkár: 2012-2014
Fjárhæð styrks: 20 millj. kr. alls
Tilvísunarnúmer Rannís: 12000102
Rannsóknasjóður styrkti verkefnið með 20 m.kr. framlagi á þriggja ára tímabili. Raunvísindastofnun Háskólans og Háskóli Íslands styrktu einnig verkefnið.
Auk kynningar á niðurstöðum verkefnisins á ráðstefnum og við erlenda háskóla voru eftirtaldar greinar og ritgerðir birtar um niðurstöður verkefnis:
Greinar:
1. "Trityl radicals: Spin labels for nanometer distance measurements," Reginsson GW, Kunjir N, Sigurdsson ST, Schiemann O, Chemistry – A European Journal., 18,13580-4 (2012).
2. "Synthesis and characterization of RNA containing a rigid and nonperturbing cytidine-derived spin label," Höbartner C, Sicoli G, Wachowius F, Gophane DB, Sigurdsson ST, J. Org. Chem., 77, 7749-7754 (2012).
3. Tkach I, Pornsuwan S, Höbartner C, Wachowius F, Sigurdsson ST, Baranova TY, Diederichsen U, Sicoli G, Bennati M, "Orientation selection in distance measurements between nitroxide spin labels at 94 GHz EPR with variable dual frequency irradiation," PhysChemChemPhys., 15, 3433-7 (2013).
4. "Measurements of short distances between trityl spin labels with CW EPR, DQC and PELDOR," Kunjir N, Reginsson GW, Schiemann O, Sigurdsson ST, PhysChemChemPhys., 19673-85 (2013).
5. Akhmetzyanov D, Schöps P, Marko A, Kunjir NC, Sigurdsson ST, Prisner TF, "Pulsed EPR dipolar spectroscopy at Q- and G-band on a trityl biradical," Phys. Chem. Chem. Phys., 17, 24446-51 (2015).
6. Grytz CM, Marko A, Cekan P, Sigurdsson ST, Prisner TF, "Flexibility and Conformation of the Cocaine Aptamer Studied by PELDOR," Phys. Chem. Chem. Phys., 18, in press (2016).
Ritgerðir:
1. "Distance measurements using pulsed EPR: Noncovalently bound nitroxide and trityl spin labels," Gunnar W Reginsson, PhD thesis, University of St Andrews and University of Iceland (2013).
2. "Triphenylmethyl-derived biradicals for nanometer distance measurements by pulsed EPR spectroscopy," Nitin Kunjir, PhD thesis. University of Iceland (2014).
