Spunamerking kjarnsýra án samgildra tengja - verkefnislok
Fréttatilkynning verkefnisstjóra
Í þessu verkefni var unnið að því að þróa einfalda aðferð til spunamerkingar sem krefst ekki myndunar samgildra tengja.
Kjarnsýrur gegna mörgum hlutverkum í lífverum. Upplýsingar um byggingu og hreyfingu kjarnsýra varpa ljósi á hvernig þær geta sinnt sínum fjölbreyttu hlutverkum. Electron paramagnetic resonance (EPR)-litrófsgreining, eða rafeindasegulgreining, er tækni sem hefur í auknum mæli verið notuð til að rannsaka bæði byggingu og hreyfingu kjarnsýra. Flöskuháls í slíkum mælingum er yfirleitt spunamerking kjarnsýranna, sem krefst þekkingar á sviði efnasmíða. Í þessu verkefni var unnið að því að þróa einfalda aðferð til spunamerkingar sem krefst ekki myndunar samgildra tengja. Þessi aðferð styðst í staðinn við að binda smáar stakeindir við kjarnsýrur sem hafa basalausar stöður, en slíkar kjarnsýrur eru auðfáanlegar. Þessi spunamerkingaraðferð byggir því á að bæta einfaldlega spunamerkinu í lausn sem inniheldur kjarnsýruna.
Heiti verkefnis: Spunamerking kjarnsýra án samgildra tengja
Verkefnisstjóri: Snorri Þór Sigurðsson, prófessor, Háskóla Íslands
Tegund styrks: Verkefnisstyrkur
Styrkár: 2011-2013
Fjárhæð styrks: 19,5 millj. kr. alls
Tilvísunarnúmer Rannís: 11003502
Þó nokkur spunamerki voru smíðuð og sum hver sýndu góða bindingu við kjarnsýrur. Í samvinnu við vísindamenn við Háskólann í St. Andrews var púlsuð EPR-litrófsgreining notuð til að mæla hvernig DNA-tvíliða, spunamerkt með þessari aðferð, beygðist þegar hún bast við próteinsameind. Þessar niðurstöður leggja grunninn að frekari rannsóknum á byggingarlegum eiginleikum kjarnsýra.
Rannsóknasjóður Rannís styrkti verkefnið með um 19,5 m.kr. framlagi á þriggja ára tímabili. Raunvísindastofnun Háskólans og Háskóli Íslands styrktu einnig verkefnið.
Auk kynningar á niðurstöðum verkefnisins á ráðstefnum og við erlenda háskóla voru eftirtaldar greinar og ritgerðir birtar um niðurstöður verkefnis:
Greinar:
1. "Structural changes of an abasic site in duplex DNA affect noncovalent binding of spin label ç," Shelke S, Sigurdsson ST, Nucleic Acids Res., 40, 3732-40 (2012).
2. "Effect of N3-modifications on the affinity of spin label ç for abasic sites in duplex DNA," Shelke S, Sigurdsson ST, ChemBioChem, 13, 684-90 (2012).
3. "Protein-induced changes in DNA structure and dynamics observed with noncovalent site-directed spin labeling and PELDOR," Reginsson GW, Shelke S, Rouillon C, White M, Sigurdsson ST, Schiemann O, Nucleic Acids Res., 41, e11 (2013).
4. "Nitroxide-labeled pyrimidines for noncovalent spin-labeling of abasic sites in DNA and RNA duplexes," Shelke SA, Sandholt GB, Sigurdsson ST, Org. Biomol. Chem., 12, 7366-74 (2014).
Ritgerðir:
1. Gunnar Sandholt, "Nitroxide-derived pyrimidines for noncovalent spin labeling of nucleic acids," University of Iceland (2012).
2. "Distance measurements using pulsed EPR: Noncovalently bound nitroxide and trityl spin labels," Gunnar W. Reginsson, PhD thesis, University of St Andrews and University of Iceland (2013).
