Greiningar á kjarnsýrum til nota við gæðamat og greiningar samhliða krabbameinsmeðferð - verkefni lokið

Fréttatilkynning verkefnisstjóra

19.6.2018

Lífeind ehf., sprotafyrirtæki í Líftækni hefur lokið verkefninu: “Greiningar á kjarnsýrum til nota við gæðamat og greiningar samhliða krabbameinsmeðferð” sem styrkt var af Tækniþróunarsjóði Rannís. Verkefnið gekk út á að þróa aðferðarfræði til að greina skemmdir í kjarnsýrum, annars vegar af völdum geymsluaðferða og einangrunar og hins vegar af völdum krabbameinslyfja í sjúklinginum. Þau lyf valda sérhæfðum skemmdum sem hingað til hefur ekki verið hægt að greina í lífsýnum frá sjúklingum.

Heiti verkefnis: Greiningar á kjarnsýrum til nota við gæðamat og greiningar samhliða krabbameinsmeðferð
Verkefnisstjóri: Jón Jóhannes Jónsson, Lífeind ehf.
Tegund styrks: Verkefnisstyrkur
Styrkár: 3 ár, hófst 2014
Fjárhæð styrks: 37,5 millj. kr. alls
Tilvísunarnúmer Rannís: 142709

VERKEFNIÐ VAR STYRKT AF TÆKNIÞRÓUNARSJÓÐI.

Niðurstöður verkefnisins voru eftirfarandi:

A)           Með tvívíðri rafdráttaraðferð Lífeindar er hægt að greina sértækar skemmdir af völdum formaldehýð og annarra efna (fixering) og hitaskemmdir af völdum einangrunaraðferða og tengja það við útkomu og gæði háhraðaraðgreininga.  Við höfum nú þegar hafið þjónustugreiningar fyrir erlenda aðila, vísindamenn og lífsýnabanka byggðar á þessum niðurstöðum.  Jafnframt höfum við sýnt fram á að hægt er að nota aðferðarfræðina til að greina skemmdir á DNA úr líkamsvökvum (plasma, þvagi, munnvatni). 

B)           Hægt er að greina DNA skemmdir af völdum krabbameinslyfja í lífsýnum úr sjúklingum allt frá klukkustund eftir að lyf er gefið upp í 2 vikum síðar eftir því um hvaða lyf er að ræða.  Fyrir krosstengikrabbameinslyf  (oxaliplatin) gátum við séð krosstengdar kjarnsýrusameindir bæði í þvagbotnfalli sem og í plasma frá ákveðnum hópi sjúklinga. Þetta er í fyrsta skipti sem slíkar greiningar eru mögulegar á lífsýnum úr sjúklingum. Þessar niðurstöður hafa vakið talsverða eftirtekt vegna möguleika á að þróa einstaklingsmiðaða meðferð hvað varðar magn og styrk lyfja og aukaverkanir. Næsta skref í þeim fasa er að fylgja eftir hópi sjúklinga í nokkra daga eftir hverja lyfjagjöf.

C)           Tvívíðar rafdráttargreiningar Lífeindar eru nú orðnar þekktar um allan heim og margir sem hafa sýnt því áhuga að koma tækninni upp á sinni rannsóknarstofu. Lífeind hefur lagt mikla áherslu á að vinna með vísindamönnum og fyrirtækjum að notkun tækninnar við hinar ýmsu greiningar og markaðssett fyrirtækið sem kjarnsýrugreiningarfyrirtæki.

Listi yfir afrakstur verkefnisins, sem og skýrslur, greinar og handrit.

• Thormar HG, Gunnarsson GH, Gudmundsson G, Leooson K, Estibeiro P, Jonson JJ.  Microgels and apparatus for polyacrylamide gel electrophoresis of nucleic acids in one or two dimensions.  BioTechniques, manuscript accepted for publication.
  
• Gudmundsson B, Thormar HG, Sigurdsson A, Dankers W, Steinarsdottir M,, Olafsson D, Halldorsdottir AM, Meyn MS, Jonsson JJ. Northern Lights Assay: A Versatile Method for Comprehensive Detection of DNA Damage. Manuscript submitted to Nucleic Acid Research.
  
• Gudmundsson B, Thormar HG, Hammarlund O, Lindblad J, Sigurdsson A,
Olafsson D, Halldorsdottir AM, Jonsson JJ.
Northern Lights Assay of cfDNA damage in body fluids. Mansucript.
  
• Guðmundsson B, Þormar HG, Hammarlund O, Lindblad J, Rafnsdóttir S, Sigurðsson A, Ólafsson D, Halldórsdóttir AM, Jónsson JJ. Northern Lights Assay of cell-free DNA (cfDNA) damage in body fluids. Sautjánda ráðstefnan um rannsóknir í líf- og heilbrigðisvísindum í Háskóla Íslandsog Læknablaðið 2015; 101(Fylgiblað 82): E42jj
  
• Þormar HG, Guðmundsson B, Jónsson JJ. Gæði formalin fixeraðra DNA sýna úr vaxkubbum og DNA sýna fyrir ChIP-seq greind með Norðurljósagreiningu (Northern Lights Assay). Sautjánda ráðstefnan um rannsóknir í líf- og heilbrigðisvísindum í Háskóla Íslandsog Læknablaðið 2015; 101(Fylgiblað 82): E12.
  
• Gudmundsson B, Thormar HG, Thongthip S, Sigurdsson A, Dankers W, Steinarsdottir M, Halldorsdottir AM, Smogorzewska A, Jonsson JJ. Northern Lights Assay: A versatile method for comprehensive detection of DNA damage. Poster European Human Genetics Conference, 6.6-9.6.2015, Glasgow, Scotland. Eur J Hum Genet 2014:22(Suppl 1) PS14.033, p.281.
  
• Þormar HG, Guðmundsson B, Jónsson JJ.  Gæði formalin fixeraðra DNA sýna úr vaxkubbum greind með Norðurljósagreiningu. Vísindi á vordögum á Landspítala 28.4.1015. Læknablaðið 2015; 101(Fylgiblað 85): E44, p.22.

  
• Guðmundsson B, Þormar HG, Hammarlund O, Lindblad J, Sigurðsson A,
Ólafsson D, Halldórsdóttir AM, Jónsson JJ.
Norðurljósagreiningar á DNA skemmdum í líkamsvökvum. Vísindi á vordögum á Landspítala 28.4.1015. Læknablaðið 2015; 101(Fylgiblað 85): E46, p.22-3.
  
• Gudmundsson B, Thormar HG, Hammarlund O, Lindblad J, Sigurdardottir ML, Rafnsdottir S, Sigurdsson A, Thorsteinsdottir B, Jonsson JJ. Variability in apoptosis patterns in cfDNA in body fluids in healthy individuals. Poster European Human Genetics Conference, 21.5-24.5.2016, Barcelona, Spain. Eur J Hum Genet 2016:24(Suppl 1) P14.014, p.495.
  
• Guðmundsson B, Hammarlund O, Lindblad J, Sigurdardottir ML, Rafnsdottir S, Sigurdsson A, Thormar HG, Jonsson JJ. Variability in apoptosis patterns in cfDNA in body fluids in healthy individuals.  Átjánda ráðstefnan um rannsóknir í líf- og heilbrigðisvísindum í Háskóla Íslands3  og 4 janúar 2017. Læknablaðið 2017(Fylgirit 91): V62 p.68-9.
  
• Þormar HG, Guðmundsson B, Hammarlund O, Lindblad J, Sigurðardottir M, Rafnsdottir S, Ólafsson D, Halldórsdóttir AM, Steingrímsdóttir H, Sigðurssson S, Jónsson JJ. Northern Lights Assay in cancer theragnostics. Átjánda ráðstefnan um rannsóknir í líf- og heilbrigðisvísindum í Háskóla Íslands 3 og 4 janúar 2017. Læknablaðið 2017(Fylgirit 91): E150 p.52.
  
• Ragnarsson HI, Guðmundsson B, Þormar HG, Jónsson JJ. Greining oxunarskemmda í DNA með Norðurljósagreiningu. Átjánda ráðstefnan um rannsóknir í líf- og heilbrigðisvísindum í Háskóla Íslands3 og 4 janúar 2017. Læknablaðið 2017(Fylgirit 91): E76 p.30.
  
• Ragnarsson H, Guðmundsson B, Thormar HG, Jonsson JJ. Detection of oxidative base damage in DNA with Fpg treatment and Northern Lights Analysis. Poster European Human Genetics Conference, 27.5-30.5.2017, Kaupmannahöfn, Danmörku. Eur J Hum Genet 2017:25(Suppl 1) P14.035C.
  
• Ragnarsson HI, Guðmundsson B, Þormar HG, Jónsson JJ. Greining oxunarskemmda í DNA með Norðurljósagreiningu. Vísindi á vordögum, þing Landspítala 2017. Læknablaðið 2017(Fylgirit 94): B3.
  
• Ragnarsson HI, Guðmundsson B, Þormar HG, Jónsson JJ. Greining oxunarskemmda í DNA með Norðurljósagreiningu. Vísindi á vordögum, þing Landspítala 2017. Læknablaðið 2017(Fylgirit 94): B3.
  
• Thormar HG, Gudmundsson B, Ragnarsson HI, Gudmundsson D, Sigurdsson H,  Jonsson JJ. Interstrand crosslinked DNA in body fluids of cancer patients treated with a platinum agent. Submitted.
  
• Guðmundsson B, Þormar HG, Dankers W, Ólafsson D, Sigurðsson A, Sigurðardóttir ML, Steinarsdóttir M, Thongthip S, Smogorzewska A, Jónsson JJ. Greining á DNA skemmdum með tvívíðum rafdrætti. ). 6. Vísindadagur Tilraunastöðvar Háskóla Ísland í meinafræði að Keldum, veggspjald 28. mars 2014.
  
• Bjarki Gudmundsson, Hans G. Thormar, Albert Sigurdsson, Wendy Dankers, Margret Steinarsdottir, Supawat Thongthip, Anna M. Halldorsdottir, Agata Smogorzewska, Jon J. Jonsson. Northern Lights Assay: A Versatile Method for Comprehensive Detection of DNA Damage.  Nordisk medicinsk laboratoriegruppe (NML) Congress 2015, Reykjavík, 4-6. júní, 2015.  Fyrirlestur.
  
• Guðmundsson B, Þormar HG, Sigurðsson A, Dankers W, Steinarsdóttir M, Ólafsson D, Halldórsdóttir AM, Jónsson JJ. Northern Lights Assay: A Versatile Method for Comprehensive Detection of DNA Damage. Líffræðiráðstefnan, Nóvember 2015.
  
• Jónsson JJ, Guðmundsson B, Þormar HG, Sigurðsson A, Dankers W, Sigurðardóttir ML, Rafnsdóttir S, Steinarsdóttir M, Ólafsson D, Halldórsdóttir AM. Northern lights assay.  Erindi E13. Ráðstefna um nýsköpun á Heilbrigðisvísindasviði, 12. nóvember 2015, Reykjavík.
  
• Guðmundsson B, Þormar HG, Ragnarsson H, Guðmundsson D, Þorsteinsdóttir B, Jónsson JJ. Northern Lights Assay: A versatile method for comprehensive detection of damage to DNA molecules in body fluids. Ráðstefna um nýsköpum á Heilbrigðisvísindasviði HÍ. Reykjavík, 17. 11.2017.
  
• Jonsson JJ: Optimization of Molecular Procedures with Two- Dimensional Strandness-Dependent Electrophoresis. Fyrirlestur qPCR og digital PCR 4 BIO summit 4.12.2017.